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根据《个人所得税法》规定，个人自然人发票税款超过五万元的部分，是应纳税额，应纳税额由税率加计征标准的乘积决定的。具体税率有：国家增值税：6%；城市维护建设税：3%；地方教育费附加：3%;企业所得税：25%；个人所得税：5%。 在此案例中，50万元发票税款应纳税额计算方式：税款金额50万元，税率为6%，计征标准为30000元，即应纳税额为：税款金额50万元*税率6%/计征标准3000元=3000元。 因此，个人自然人发票50万元总共应缴纳3000元的税款。 拓展知识：应税费用除了按照税款总额算税之外，还要按照税款计征标准来算税。税款计征标准比例是按照国家规定的计算出来的，根据不同税种有不同的计算比例，比如国家增值税，城市维护建设税，地方教育费附加。