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公司收到员工医保报销款的账务处理方式如下： 1.为了完成此项报销，首先要在账务账簿中新增一条医保报销项； 2.将收到的金额由客户银行账户进行转入，把这笔报销款作为结算付款，以便及时把货款结算到经营者的账户； 3.将报销款存入员工金额处理户； 4.根据报销款来源准备相关的报销单，并将其与报销款的金额和时间进行对比； 5.完成报账、报销、开具发票、内部登记等流程后，及时将已完成的账务处理明细登记到账务簿； 6.进行入账，入账时要以医保报销项作为科目，进行专项性入账，以确保结算准确性。 拓展知识：公司收到员工医保报销款，实际上可以视同报销，因此可以进行类似报销的操作，同时为了保证账务结算准确，还要加以专项处理。