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当发票时，应根据发票开具金额和所得税费用之间的差额来计算征收的扣款额。实际支付的金额应该是减去扣除额后的增值税总额。如果实际支付的金额比开票额百分之九十有出入，则可以核实发票开具的金额是否正确，或者发票是否有损毁等问题，以避免税收纠纷出现。另外，如果实际支付的金额比开票额百分之九十有出入，企业也可以通过系统税务申报，申报确定征收扣款额，以免税务稽查发现，导致罚款和税款增加，对企业形象造成影响。拓展知识：申报中的“税费差异”是指在财政部门的监管下，由于企业的计算方式与国家征税规定的计算方式不一致所导致的税费差异，包括过高征收和漏征税收两种情况。