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小规模纳税人未开票收入纳税，主要是通过“准予预扣预缴税收”的方式处理。根据《税务登记管理办法》，未开具结算凭证的收入，需要缴纳预扣预缴的增值税和消费税。小规模纳税人缴纳增值税的计税办法是采用税率法，此类收入占其当月增值税总收入比例的3%按当月的增值税税率计算，当季度收入超过90万时，应当以实际发生额为基础按照小规模纳税人税率执行预缴。而消费税由管理税务机关按照1%的消费税税率预计算扣收，个体工商户外销业务消费税预缴采取比例预扣预缴，比例根据纳税人的实际情况确定。 拓展知识： 小规模纳税人未开票收入纳税除了上述增值税和消费税，还需要缴纳个税。根据《个人所得税法》规定，小规模纳税人非劳务收入应当按照相应税率计算应纳税所得额，并按3%-20%计算应纳税额。此外，小规模纳税人应当按照法定期限及规定的标准报送《个人所得税年度纳税申报表》，并向税务机关支付纳税款。