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企业在电子税务局申请留抵退税时，由于税务局会根据纳税人所提供的材料与相关数据，进行审核并确定退税额之算法，相关核算的系统中还存在着手续费和费率留存（存开税额的一部分）的情况，因此最终退还的金额会稍有差异。 此外，由于税务局制定的退税算法是以时间为约束，而且一般会推行滚动式退税，即当新一财年进入内，系统会优先计算新一财年的暂付与滚动退税额，因此企业最终实际收到的退税金额也可能会有一定的差异。 拓展知识： 在申请留抵退税时，企业还要注意及时查询留抵的退税情况，以及定期更新税务局的退税数据，以防止实际缴纳的税额和申请的退税额不符，从而造成税务风险。