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依据财政部、税务总局联合发布的《关于调整汽车消费税和车辆购置税税率有关事项的通知》，4月份9辆商务车进口的海关核定的关税计税价格为40万元/辆，因此，该4S店应纳车辆购置税的计算方法为：关税费×25%（汽车消费税）+（关税费-25%×关税费）×12%（消费税）+（关税费-25%×关税费-12%×（关税费-25%×关税费））×10%（车辆购置税）=计税价格×车辆购置税税率。因此，40万元×10%=4万元，即该4S店应纳车辆购置税为4万元。 拓展知识：关于购置税，根据国家财政部最新规定，开征车辆购置税的车辆按照征税时价格小计税，一般按照价税合计比例10％计算车辆购置税；关于汽车消费税，由国家财政部规定，普通轿车消费税税率为25%，新能源汽车消费税税率为10%。