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小规模纳税人开具房租发票专票，税率为3%。根据《中华人民共和国企业所得税法》第九十一条规定，小规模纳税人登记增值税一般纳税人未实行的，自发票开具之日起3个月内应缴纳税款，其中，增值税税率为3％。所以，小规模纳税人开具房租发票专票的税率为3％。 拓展知识： 根据《中华人民共和国国民经济和社会发展第十三个五年规划纲要（2016-2020年）》，从2018年1月1日起，小规模纳税人可以在登记增值税一般纳税人实施期间，选择执行现行税率或减征3%税率。针对服务业，可以选择减半征收6%税率。此外，还可以减少企业的所得税费用，确保企业负担合理。