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根据《流通税收征管法》的规定，如果公司进项发票金额大于销项发票金额，公司可以申请退税。在申请退税时，首先要确定税务收支平衡，其次要拥有足够的有效进项发票，才可以申请退税。此外，公司还需要确保进项税款在上一纳税期间已经抵扣。需要注意的是，如果销售单价大于成本单价，则可能被税务机关认定为假进项发票，应当避免此类情况发生。 从税收角度来说，公司不但要支付货物或劳务的税收，而且要有强大的抵扣力度，以便抵消进项税收的影响。因此，公司应根据财务实际情况，对采购发票、销售发票以及进项发票等税务相关文件进行有效的管理，以保证公司的合法税收缴纳状况。同时，通过正确的税务筹划及有效的减免策略，可以帮助企业实现有效的税收管理和减轻税收负担。