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根据《中华人民共和国个人所得税法》规定，自然人代开50万元发票，应当缴纳5000元税款作为个人所得税。 首先，根据《个人所得税法》规定，所得税是指超出起征点（起征点为5000元）的所得额所得的税款，起征点以上的所得额应缴纳个人所得税，税率分为五档：3%、10%、20%、25%、30%，累进计算。 其次，根据《个人所得税法》规定，自然人代开发票的情况，所得50万元的个人所得税为5000元，其计算公式如下：50万元减去起征点5000元，为45万元；45万元乘以3%，为13500元，即个人所得税为5000元。 最后，由于《中华人民共和国个人所得税法》对自然人代开发票的情况有具体上的规定，所以自然人代开50万元发票应当缴纳5000元的个人所得税。 拓展知识： 除了自然人代开发票，法人和其他组织代开发票也要缴纳个人所得税，根据《个人所得税法》规定，缴纳的税款=应纳税所得额×适用税率-速算扣除数。