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自查补缴收入处理一般有以下流程： 1、首先根据要求登记补缴申报表，就是将被补缴纳税人的基本情况及补缴款项的清楚地填写到表格中； 2、查验报表的税种是否与税务机关核定的相符，并根据判断当事人的补缴税款是否超出数额； 3、根据当事人的实际情况，向税务机关申报补缴收入，以便获取补缴凭证； 4、交付税务机关补缴税款，如果补缴收入为税款，则根据税收缴纳法的规定交纳； 5、按照税务相关规定准备相应的财务报表，在税务机关的规定时限内报送财务报表； 6、提交补缴收入的相关申报和执法文书，并完成税务机关核定后的相关手续； 7、完成补缴收入的归类统计及记录，报送相关机关。 拓展知识：有时，被补缴收入纳税人还可能更改原补缴收入申报表，这时应当按照税务机关要求，结合申报表实际情况，及时更正报表。