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根据海关的有关规定，境外收货人必须与报关单上的一致。因此，在此情况下，发票不能开给深圳的关联公司，而应该开给香港的A公司。如果对方出具关联公司证明，则可以在报关单上注明深圳的关联公司，以表明收货人的合法性及发票的最终接收人。另外，由于出口报关过程会触碰到海关，同时也存在相关的法律法规，如海关进出口税则条例等，因此操作时应注意相关法规及海关规定，以避免违反海关规定及发生报关纠纷。此外，有关报关单的填写格式也需要按照海关规定来填写，以减少可能出现的报关问题。