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不能将增值税专用发票当作普通发票进行入账，因为增值税专用发票和一般的普通发票的税务程序不同。增值税专用发票应当按规定填写完整，以供适用营改增后税法相关税收减免政策。增值税专用发票是增值税法定唯一有效税收凭证，拥有较丰富的增值税减免政策，因此，小规模纳税人在开立增值税专用发票的情况下，所得税可能较少，而普通发票却不能享受此类优惠政策，故小规模纳税人不能将增值税专用发票当作普通发票入账。 此外，增值税专用发票和普通发票另一个差异就是增值税专用发票中除了填写纳税人的一些基本信息外，还需填写服务收费人、增值税税率和税额等，而普通发票却只需填写纳税人信息。此外，增值税专用发票的开具格式也和普通发票有很大不同，所以小规模纳税人在开具增值税专用发票时应注意营业税税收管理程序，以免影响企业正常经营和缴税。