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水利基金是按照含税收入缴纳的，一般会收取比例在2%-3%不等，比较复杂，因为不同的相关税收会有所不同。比如，对于个人所得税而言，居民按照比例征收，即万分之五，但是公司和机构则按照一定的税率来扣缴，有可能是预征税或者逐项税率。此外，还要考虑到不同地区的不同税率，有时候还需要考虑到财产税、消费税之类的税种。另外，企业税务部门在对含税收入进行征税时也要考虑纳税减免或者协定减免的情况，以及增值税附加税的计算。 总的来说，水利基金的缴纳基本上都是按照含税收入的，了解具体的税额和比例，就要根据政府公布的税收政策以及当地具体的实施情况来确定，这就需要对相关的税收法规进行深入、准确的了解和分析。