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购进农产品取得的3%的专用发票可以用来抵扣进项税和加计扣除。符合条件的专用发票明细，需要报送增值税专用发票电子档案，并在税务系统上确认后，方可进行抵扣。结算3%的专用发票，具体的抵扣步骤如下： 1、确认3%的专用发票须符合下述条件： （1）发票代码和发票号码符合有效发票范围； （2）税额、金额、税价比内容正确； （3）发票类型为“普通货物发票”且货物或应税劳务的加工、修理、安装类型为“未加工”。 2、将符合3%的专用发票电子档案上报至税务机关，审核通过后该发票系统自动入账（若无法上报，则凭发票增值税专用发票核销清单，向税收机关报送，并确认无误后可进行抵扣）。 3、在增值税税种抵扣操作中，销方可以选择进项税额扣除或者加计扣除，销方确认抵扣后，抵扣金额将自动从增值税纳税申报表中扣除，以减少纳税义务。 拓展：关于购进农产品取得的专用发票，购买方需在收票当月内将发票统一汇总上报营改增抵扣平台，由营改增抵扣平台审核通过后，方可进行抵扣。