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根据《中华人民共和国企业所得税法》的规定，农业合作社的农业培训费所得可免征企业所得税和印花税。具体来说，农业合作社的供养、管理、招待、劳动奖励支出及所发放的职工现金工资，在法定会计期间内及时计入当期有关会计分录，并足额抵减当期应纳税所得额，可免征企业所得税。根据《中华人民共和国印花税法》的规定，发票上开征的农业培训费可免征印花税。 免税的原因是，农业合作社出资实施农业培训有助于提高农业和农村经济发展水平，改善农民生活水平，增加农民收入，更好地满足农民实际需求，发挥农业培训对农业技术改进的作用，改变传统农业技术及普遍存在的落后现象，扩大农贸市场，促进农业现代化，发挥农业合作社的行政职能，为农村经济的健康发展打下基础。