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当分公司注销时，应该对总公司的账款做出处理。如果可以的话，可以用公司的资金进行清偿，及时关闭应付账款（总公司）。但如果公司没有足够的资金可以还，办理注销的流程还是有必要的，只是有些需要特殊的办法来解决应付账款（总公司）的问题。 对于应付账款（总公司）的处理，有以下几种方式： 一、履行合同，按照当初约定的条件履行未结清的合同； 二、开出未收发票，将未收发票全部开出，收款方在收到并入账后再办理注销手续； 三、由当事人自行协商，约定分公司提供定期提供一定数额的账款还款，一旦违反约定，总公司有权追究责任； 四、余额转换，将剩余款项转入总公司在本区域的非存款科目； 五、出具担保，由总公司出具担保，保证未来分公司履行结清账款的义务。 以上几种方式非常重要，在处理应付账款（总公司）问题时，要及时采取有效措施保护总公司的权益。