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对于已经认证的进项发票被要求作废的情况，应该采取如下操作： 1、进项发票应当遵循国家税务机关的规定，首先进行认证，查验合法性，确保发票合法有效。 2、在发票被要求作废时，应当利用财务系统，记录发票信息和作废原因，并上报财务管理部门，进行相关审核确认。 3、应当按照相关规定，停止继续开具相应的进项发票，并删除原有的发票表格，同时注销已经认证的发票信息，做好正式发票的存档处理。 拓展知识：发票作废时，应当依据相关法律法规，持发票应当按照对方指定的方式进行，一般有以下两种方式：一是由发票抬头方凭借本人身份证件向税务部门发起作废申请；二是由收票方向税务部门发起作废申请。