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发票已经抵扣勾选取消的方法主要有以下几种： 一、在税务机关登记经办人处，要求取消抵扣勾选，登记经办人收到取消勾选请求后，在税控系统中取消发票抵扣勾选。 二、交易双方可以自行约定，购方取消购买发票，销方发票退回，然后发票原封不动寄回销方重新开具发票，重新勾选发票，在税控系统中抵扣。 三、可以申请重开，将发票作废重开，重新勾选发票，在税控系统中抵扣。拓展知识：如果发票已经抵扣勾选，那么抵扣的税款是不能够被退还的，除非经过协商并做出相应的约定，否则购买方是无法获得退税的。因此，购买方在抵扣勾选之前，一定要仔细核对发票，确认无误后再抵扣勾选，以免出现发票错误的情况。