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企业在缴纳税款时不允许留抵税额，可以采取以下几种做法来处理： 1、企业可以在本次税款支出中，优先使用结转来源的发票； 2、企业可以在每月收支结算时，优先使用结转来源的发票。 3、企业可以利用专用发票（抵扣专用发票）抵扣税款，政府发放的抵扣发票可以用于抵扣税款，减少税款支出。 4、企业可以尽可能多地申请减免税政策，政府开出的减免税政策有助于企业减轻税收负担。 上述处理税款时不允许留抵税额的做法，有助于企业合理减轻税收负担，促进企业健康发展。 拓展知识：另外，企业还可以通过认证的电子发票平台建立企业的电子税控系统，接受税务机关的审核，把纸质发票升级为电子发票，减少纸质发票的制作，发票结余可以作为纳税资金，降低税收负担。