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首先，在发现缺少发票的情况下，企业需要首先收集尽可能多的政府机关出具的证明材料，以解释产生的税款的业务场景，如银行流水、公司业务凭证、收款人和付款人的证明等，帮助企业尽可能准确说明缺少发票所记载的增值税应税项目内容及税额，以及业务本身的真实情况。 其次，在准备好上述证明材料后，企业需要向当地的税务局提交信息变更表和相关证明材料，向税务局报告纸质发票确实少申报的情况并申请补缴增值税，并要求税务局按照实际交税的应税项目和税额给予减免税收的处理。 最后，就是要企业之间加强凭证管理，在入账时要求客户和供应商准确完整的提供发票，对发票进行检查，并登记备案，以避免申报隐患。 拓展知识：增值税进项税额减免政策 在特定的条件下，可以执行增值税进项税额减免政策，以减轻企业的财政负担。减免政策根据有关法规的要求有二种：一是部分计税方法法减免；二是全部计税方法减免。部分计税方法减免一般减免税额为30%，但有一定的条件限制，具体详情可以参考有关法规进行参考。