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首先，你应该核实乙方开具的发票税率是否与他提供的商品编码表中的税率一致，如税率在商品编码表中没有相应的税率，则应该核实乙方公司是否有此商品编码表。如果商品编码表上有相应的税率而乙方开具的发票税率却不一致，你可以拿乙方开具的发票税率和商品编码表中的税率去外部税务机关处，征求意见。如果乙方公司提供的税率与有关税务机关的税率或税率表有异议，则乙方需要重开发票。如果你认定不需要重开发票，也可以将发票税率和对应的商品编码进行记录，作为对这些发票的适当凭据处理，以便在税务行政检查时予以说明。