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软件企业税率6％和13％的区分在于，6％的税率一般适用于软件企业所销售的软件产品的增值税，而13％的税率一般适用于服务行业的增值税。软件企业所销售的软件产品属于物品，属于一般纳税人的范畴，所以执行的税率为6％；而服务行业的增值税，由于它属于服务，属于小规模纳税人的范畴，所以执行的税率为13％。 此外，根据《国家税务总局关于软件产品及相关服务涉税政策的公告》（国家税务总局公告[2009]第39号），软件企业在发售软件产品及提供软件服务的情况下，计算收入时要分别按照6％和13％计算税收。 拓展知识： 软件企业发售软件产品和提供服务的收入，除了要按照国家规定的税率（6％和13％）缴纳增值税外，还要按照其他税种规定的税率缴纳税收，如按个人所得税和企业所得税缴纳所得税。