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跨区开票中，税款的缴纳要遵循发票抵扣实体企业原则，跨区开票企业需要在对应税务机关备案信息，并登记“发票抵扣原则登记表”，确保发票抵扣的正确性。跨区开票的企业，如果发票抵扣的实体企业和发票开具所在地税务机关是同一地区，则税款缴纳可以按购方归类，只需到购方所在地税务机关缴纳税款即可；而跨区开具发票抵扣的实体企业和发票开具所在地税务机关不在同一地区，则需要发票开具所在地税务机关购方，即应税行为发生地税务机关以及购方所在地税务机关收税，然后由发票开具所在地税务机关将购方交纳的税款统一汇总给实体企业所在地的税务机关，实现税款的统一缴纳。 拓展知识: 如果跨区开具发票时，发票抵扣的实体企业存在多个，税款的缴纳可以采用分类缴纳方式，分别将其交给购方所在地税务机关或实体企业所在地税务机关。