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母公司理论和主体理论在编制合并报表时存在一定差异。母公司理论认为，母公司应要求其他子公司的财务报表数据被合并到母公司的财务报表中，以形成母公司综合报表体系，以反映母公司的整体财务状况。而主体理论认为，母公司只要求其子公司的财务报表数据被报告在母公司的财务报表中，而不一定要求财务报表中必须形成母公司综合财务报表体系。 由于这两种理论的不同，因此，在商誉计算时报表数据也有所不同。母公司理论要求商誉计算时，母公司在财务报表中应当计入报表科目，而子公司的财务报表中则无需体现。而主体理论要求，母公司只要求子公司的财务报表中计入商誉科目，而不必在母公司的财务报表中计入商誉科目。此外，母公司理论还要求子公司若无商誉，母公司也必须计入报表科目，而主体理论则无此要求。 拓展知识：另外，两种理论还会在计算带权重的现金流量表中产生不同的影响，母公司理论要求报表中反映出母公司整体现金流量，而主体理论则只要求子公司的现金流量被报告在母公司的财务报表中。