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小规模纳税人利润总额超过100万，其所得税计算公式为：所得税=利润总额×税率-速算扣除数。税率可根据不同业务类型和所属地区的企业所得税法进行调整，通常为25%。速算扣除数可以根据不同的业务类型，以及当年的纳税记录，据国家税务总局有关规定进行调整，一般为1500元左右。 扩展知识：小规模纳税人的税率通常为3%的国家职工个人所得税税率，但是某些行业规定的税率可能会高一些。另外，根据不同的业务类型，还有其他可能影响税率的因素，如所得税法，企业所在地的税收优惠政策等。