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根据《财政部国家税务总局关于个体工商户适用征收小额销售额减免税有关问题的通知》规定，如果个体工商户普票3%开了40万，应填列在11行（未达到起征点），如果超过45万，则应填写在12行，并需填写减免税申报明细表。 国家规定，个体工商户销售额每月不超过45万，适用减免税，其中普通发票不超过3万，可在申报表11行填列主税项；若超过3万，需在申报表12行填列主税项，并填写减免税申报明细表。 此外，个体工商户销售额达到45万的当月，可在申报表12行填列主税项，销售额超出45万的部分，可在减免税申报明细表上进行申报，分两月进行计算减税；如果该月的销售额未达到45万，但超过了第二月的销售额，则第二月也可以在减免税申报明细表上进行申报。 总之，个体工商户普票3%开了40万时，需要在纳税申报表11行填列未达到起征点，超过45万时，需要在纳税申报表12行填列，也需要填写减免税申报明细表。 拓展知识：纳税申报是个体工商户应尽的义务，有助于保障国家财政收入，从而落实货币政策和税收政策，同时也是政府加强税收监管，实现税收公正，税收公平的有力手段。国家对个体工商户适用小额销售额减免税，是为了降低小型企业和个体工商户的税负。