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投入产出法是指根据企业生产或服务过程中的投入和产出的关系来确定企业实际经营活动的成本和税额。农产品进项税额核定扣除通过投入产出分析，可以把相关农业企业投入生产制造的农产品，具体根据农业企业投入过程中购买的相关农产品的成本来计算其中的增值税核定扣除额。例如，一家农产品加工企业，其生产的某一类食品，根据其投入生产的原料花费的总金额，实付的税款数额，计算出本次生产的增值税可扣减的额度。