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如果分公司和总公司在同一个市，所开的专用发票可以由总公司抵扣。这是因为根据《中华人民共和国发票管理条例》，企业从事营业活动的单位，可以在销售货物或者提供服务的销货单位的发票上开具发票，且当发票作为购买货物、支付服务费等抵扣税费的凭证时，用户可以根据实际情况，由总公司或者分公司发票作为抵扣税费的凭证。所以，在分公司和总公司在同一个市，总公司也可以使用分公司开具的专用发票进行抵扣税费。