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证明企业是小规模纳税人的主要方法之一是通过税务机关的小规模纳税人认定系统，系统中以企业登记证书、组织机构代码证、企业执照等为依据进行查询，可以查询出企业是否为小规模纳税人，也可以查询企业的小规模纳税人认定信息。此外，还可以去当地税务机关咨询、填写申请表格并附上证明材料，由税务机关受理并在规定期限内进行审核，最后给出特定的证明文件，比如小规模纳税人证明书。 拓展知识：小规模纳税人认定的条件是企业的营业收入总额不超过一年三百万元，一般以财务报表上的销售收入额、一般纳税人的营业收入额为准，但是营业收入额并不包括出口所得、自用物资成本、购买免税办公用品等，如果涉及到这些情况，则需要减去这些额度来进行计算。