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是的，专管员可以选择不同意企业申请的退税申请。首先，专管员应检查企业申请退税的上述材料是否规范完整。如果不同意，可以要求企业改正内容，再次提交申请材料。其次，专管员应当依据财政部关于个税退税的若干规定，仔细核查企业申请退税的资料，以确保企业有权申请退税。如果专管员对申请的资料有疑问，则可以要求企业把相关账务凭证书给查账核实。如果申请退税有关的账务凭证不全或账务凭证存在虚假等情况，专管员可以选择不同意企业申请的退税申请。拓展知识：个税退税具有特殊性，无论是申请退税的企业还是专管员，都应该认真履行职责，遵守相关的规定，严格把控，以免出现问题，损害国家利益。