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增值税减免后附加税的账务处理是： 1、确定附加税减免比例，依据《增值税减免管理暂行办法》（国家税务总局令第32号）等主管部门发布的规定确定减免比例。 2、确定减免金额，按“减免比例X应纳税增值税额”的计算公式确定减免金额。 3、附加税的纳税凭证，根据税收局的要求填写《纳税凭证》，文件号由税收机关指定，缴纳附加税减免后金额，计入“增值税减免后附加税”栏目。 4、填写《增值税减免申请表》，确定减免比例，并由税务机关审核确定，用于后期风险稽查使用。 5、税收机关在审核通过后发放增值税减免审批文件，以供抵扣税额使用。