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当不能抵扣的进项税做了抵扣时，需要手动进行后续处理。一般来说，可以通过开具一张认证发票或者一张收据来处理这一问题。具体处理步骤如下： （1）通过开具一张收据，在收据上记录抵扣的无效进项税额，并将其作为期间进项税销售额一部分； （2）将处理后的期间进项税内容（不包括抵扣的无效进项税额），以及抵扣说明、抵扣无效进项税金额等信息，记入税务系统进行管理； （3）将抵扣的无效进项税额与销项税一起进行一次性抵扣，或者将抵扣的无效进项税额转入货物销售认证发票，以获得抵扣效果； （4）按照规定准备纳税申报表中相应的统计信息，完成税务申报手续。 案例：XX公司发现在系统的期间进项税里，存在一笔不能抵扣的进项税，但却把这笔进项税做了抵扣。因此，公司需要及时通过开具收据的方式，记录抵扣的无效进项税，并将该笔无效进项税与销项税一起进行一次性抵扣，完成这笔抵扣。