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物流开6%的发票和运输公司开9%的发票的原因有很多，首先考虑的是政策因素。物流交易已受到国家税收政策的支持，所以开票税率较低，而运输业务一般不能享受税收优惠政策，因此开票税率较高。另外，物流公司运送的是日常商品，可以免税；而运输公司运送的常常是原材料或者半成品，不具备免税条件。 此外，税率的不同也可能受到行业和地域差异的影响。例如，物流行业的税率可能会因其所处的地区而有所不同，而运输行业的税率可能受到当地政府的调整，因此具体情况要根据地域而定。 应用案例：假设一家公司派送物品给客户，其中90%是客户自己选择快递发货，10%是客户交给公司自行发货，那么这两项服务的发票税率将不同，前者是6%的增值税率，后者则是9%的增值税率。