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商超个体户的收税是由当地税务机关根据《个体工商户收入税暂行条例》和其他有关规定而进行核定收税的。核定收税流程如下： 1、收税对象向税务机关提出申请，缴纳相关申报费。 2、税务机关审核商超个体户的申请，核定收税标准，核定收税金额。 3、税务机关按规定期限，统一将核定收税后的税金汇总，并出具收税凭证。 4、商超个体户应当在收到收税凭证之日起30日内，按规定缴纳税金。 拓展知识：个体工商户收入税分为定额收税和税收等级调整收税两种，定额收税收取 5% 的税收，税收等级调整收税根据当地税务机关核定收税金额，收取不同金额的税收。