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公司注销、重组时增值税留抵税额处理办法主要有以下几种: 1、增值税税收结转，也就是进行税收结转，将增值税留抵税额由被注销/重组的企业结转到受让方/新成立的企业，具体方式是：将原企业的增值税税收结转账户由原企业调入受让方/新成立的企业，然后在调拨时将企业的增值税留抵税额调关到受让方/新成立的企业账户； 2、申请减免增值税，也就是实行税务存证制度，可以通过提供合法有效的证据申请减免增值税； 3、实施抵税办法，通过提供合法有效的证据，在可抵扣税费未清偿情形下可以直接从税费支出中一次性抵税。 拓展知识： 增值税留抵税额的的申报程序中，若企业在每月的税务系统做调整，要保证每月调整前后留抵税额的数值一致，以减少税务检查时可能出现的纠纷。