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对于医院医保款医保局扣除的部分，首先根据扣款原因及金额，做出特殊性账务处理，如当扣款原因系超出预算金额或是重复申请、突发疾病费用超标等，应从财政性资金账户中调离相关费用。如扣款原因系违反同等服务要求或质量检查不合格，应分别从收入类账户、材料消耗类账户或其他类账户的费用项中调整；如扣款原因系其他，应分别从其他类账户的费用项中调整。 拓展知识：通常情况下，为了将医院医保款医保局扣除的部分妥善处理，可以采用多种方案进行处理，如：一是将该款项从本次医疗费用中抵扣；二是将该款项计入本年度管理性费用，以减少下一年度的医疗费用；三是将该款项计入下一年度的工作支出等等，所以选择合适的方案是有必要的。