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商户码收款时，银行会自动扣取手续费，只显示扣完手续费后的到账金额，要如何做账呢？ 首先，根据银行凭证记录，将实际收款金额5000元归入应收账款5000元，入账金额4950元则另做一笔记账，这部分金额一般记入银行手续费支出科目，支出金额50元，贷方：银行手续费，借方：现金或银行存款。 拓展知识：除了商户码收款，付款时也会收取手续费。付款到收款方时，应该把扣除的手续费计入银行手续费支出科目，借方：现金或银行存款，贷方：银行手续费。支付方法不同，手续费也可能不同，在进行记账前应详细核实手续费的情况，做出正确的记账处理。