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首先，应将发票上的借方科目记入应交税费，贷方科目记入银行存款，即将进项税额35万元划转到银行账户；然后，根据税务系统的实际出纳支付的金额，在借方记入现金或银行存款，将贷方应交税费减少35万元，以实现应交税费的较出纳的核实，最终，该公司的账上的进项税余额为-5万元。 例如，一家公司的账上进项税余额有80万，5月份留底退税退了85万，应当做账如下：首先，应将发票上的借方科目记入应交税费，贷方科目记入银行存款，即将进项税额85万元划转到银行账户；然后，根据税务系统的实际出纳支付的金额，在借方记入现金或银行存款，将贷方应交税费减少85万元，以实现应交税费的较出纳的核实，最终，该公司的账上的进项税余额为5万元。