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一般纳税人的超市经营的农产品的税率是3%。如果销售（卖出）的农产品来自合作社，是减免税的。如果销售的农产品是来自个人，那么上述减免政策就不再适用。依据《财政部关于实行消费税减免政策的通知》第五条规定，超市经营者只能从具有相应经营资格的经营户进货的，以保持减免税的有效性。减免税的农产品有：茶叶、酒类、油料、大米、面粉、扁豆、食用油、绿茶、红茶等按照公定单价结算的商品。而其他农产品，则需要按照税务总局公布的消费税税率征收消费税。