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账务处理方面，去年在做账务处理时将进项税额入费用，6月份抵扣时发现的情况应当按照以下步骤处理： （1）根据公司的实际情况，首先把去年计入费用的进项税额在会计核算表中进行清理，将多记入的进项税额从费用中减去，如果公司在6月份抵扣进项税额大于一月份记入费用的情况，则应当把差额在会计核算表中减去； （2）将去年将进项税额记入费用的地方，以抵扣税金类别代替； （3）如果发现去年入费用的进项税额大于本年应抵扣的进项税额，那么应当将多余的部分放在期末调整后进行处理； （4）最后，在本年6月份当抵扣时，可以根据公司情况选择减免税或者退还税金，以及做好相应的账务处理。 拓展知识：有时企业自身的原因导致去年记入会计核算表的进项税额，会比本年应抵扣的进项税额大，这时候企业可以通过“有效发票管理系统”进行申请，申请减免差额的税金。