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根据《企业法》第四十七条“企业注销时，尚未收回的款项，应当依照民事法律程序由本企业的法定代表人负责清算处理”的规定，公司注销后未收回的款项需要由法定代表人负责清算处理。具体流程是：首先，由企业的法定代表人配合有关部门鉴定和核实，清算生成企业清算报告；其次，收集欠款证据，准备财会资料，申报关闭账户；继而，将应收帐款收回，资产处置完毕，向有关部门提出解散申请；最后，收到解散批准通知后，完成清算、结清欠款，撤离注销业务和税务登记等环节。 拓展知识：另外，公司注销后，还可以考虑追究相关人员的责任，例如，如果可证明是公司负责人故意挪用了财物，则可以提出刑事诉讼申请，以便保护投资者的合法权益。