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一般纳税人物流公司开普票，可以申请开具以下几种发票： 1、增值税普通发票：具有法律效力的收入凭据，可视为税务机关对纳税人征收税收的依据。 2、增值税专用发票：指应税款的收款人票据，收款人开票后，应税款扣除税款后，其中不含税金额应在发票上明确注明，以便税款机关核查。 3、机动车销售统一发票：仅针对机动车的销售，以统一的发票代替普通发票，进行综合扣税，是财政部、国家税务总局联合发布的新的税收培植办法。 4、海关进口商品发票：指海关按照规定发放的，凭此发票商家可通过海关办理进口退税手续，进而使进口商品成本及售价压低。 总而言之，一般纳税人物流公司开普票可以开具增值税普通发票、增值税专用发票、机动车销售统一发票、海关进口商品发票等，以上发票仅作为收入凭据，不作为税务机关认定纳税人交纳税款的依据。