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在分公司和总公司不在同一个城市的情况下，除了企业所得税以外的税种，分公司和总公司的纳税是分别申报的。根据《税收征收管理法》的规定，在分公司和总公司不在同一个城市的情况下，分公司和总公司应分别登记，分别申报税种，分别缴纳税款。除了企业所得税，其他税种如增值税、消费税等，分公司和总公司的申报纳税也是分别的。分公司只需要申报自身的增值税、消费税、营业税等税种，而总公司也只申报自身的增值税、消费税、营业税等税种，分别缴纳税款。