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预收账款开票的增值税可采用两种方式进行纳税：一种是扣缴方式，在缴纳主税时，将含增值税的预收账款抵减税额，在主税发生变化时，未抵减预收账款的增值税项目作为对应的发票，预缴增值税；另一种方式是代扣代缴，即通过增值税纳税企业的营业税申报软件代扣代缴增值税，将预收账款中含有的增值税直接地从客户支付的账款中扣缴。 拓展知识：预收账款开票的增值税除了上述两种纳税方式外，还可以使用税控系统，将增值税直接抵扣在预收账款后，减少税款。