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货物运输业作废增值税专用发票，首先要遵守《中华人民共和国增值税暂行条例》及相关法律法规的规定。货物运输企业如果要作废增值税专用发票，必须根据成本原则，由货物运输企业向纳税人发出索赔书，提出索赔要求，提出支付损失的理由，提供证明文件并对索赔的真实性负责。收到该索赔书的纳税人，发现索赔的证明问题，必须及时向税务机关报告，由税务机关作出有效决定，决定退还纳税人已付税款以及作废发票。 拓展：货物运输业作废增值税专用发票，除了遵守相关法律法规外，还需要提供索赔材料，并根据成本原则，对索赔的真实性负责。例如，当货物运输企业与纳税人签订了运输合同，但实际运输的货物与合同不符时，可以向纳税人提出索赔，申请作废增值税专用发票。