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增值税专用发票两联丢失的情况下，若该发票确定的纳税义务已经履行，依据《国家税务总局关于发票抵扣增值税问题的公告》（国家税务总局公告〔2004〕９８号）第三条规定，纳税人可以凭借如下证据申请发票抵扣： 1、原发票两联丢失，由机构收发票的登记证明； 2、抵扣发票与纳税义务一起履行的确认函； 3、增值税纳税申报表； 4、购买方的银行存单、支付凭证； 5、增值税发票代替完整发票的申请书； 6、发票补开的申请书。 可以看出，增值税专用发票两联丢失的情况下，不能单凭发票抵扣，纳税人应该提供其他证据来证明已经履行了纳税义务，以便税务机关审核发票抵扣申请。 拓展知识：为了防止发票被利用于洗钱、投机等不正当用途，我国规定，平台式电子发票的发票开具、抵扣、作废及查验等活动，要遵守信息安全技术控制规范和多层次安全控制、数据完整性和可信赖性保护、发票信息实时传输确认等要求，实现发票信息真实有效、安全可靠的使用。