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国家研发资助入账一般有两种方法：一种是由企业自行办理，另一种是由银行代办。银行代办时，企业应提供申请人身份信息、经费来源证明文件等资料，然后由银行核对完毕后即可进行资金入账。而企业自行办理的话，首先需要准备资金证明文件、研发发票和收据等证明材料，并在企业到期或者研发结束的时候，向政府科技财政部门提交申请书，提供必要的证明材料，并经过这个部门同意后，才可以办理国家研发资助入账。