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在上一任会计的交接中，如果发现自然人电子税务局系统内申报员工工资收入有差异，以及跨年差异，则需要根据实际情况进行相关处理。 比如，如果发现跨年差异，首先应该根据有关财务资料进行比对，识别出自然人电子税务局系统内申报遗漏的员工工资收入。然后，可以在后续税务申报中补录缺失的收入，以确保纳税义务的完整性。 此外，在日常的会计核算中，则需要定期进行自然人电子税务局系统内员工工资收入的核对，一旦发现异常，应及时采取措施纠正，以免影响本年度的税务申报。