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是的，进项税额留底退税风险是存在的，因为有可能在税务机关审计时会查账检查。一般来说，对于对一般纳税人而言，是存在可能性的，但是往往不会会受到太强烈的查账检查。当使用的税务认证资料(如供应商的供应商编号、购买的凭证以及发票)有效时，一般情况下不会有风险。重要的是要记录发票，将发票按照会计准则要求登记到记账，也即所谓的“记账清晰”，才能够有效避免被审计。 此外，关于留底退税的拓展知识是：留底退税是企业的一种节能减排的政策，它能够有效的帮助企业减轻生产运营成本以及提升企业竞争力。进项税额的留底不但能够帮助企业避免被税务机关的审计，而且还有助于企业获得更多的节税优惠。