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运输公司应当根据甲方要求明确开具列卸费和仓储费分别标明的发票，即先开具一张含有列卸费的发票，再另开仓储费的发票。如果运输公司提供的服务有多项收费的，应开具分类结算的发票，不能含糊不清的项目开具一张发票，这样易于被税务机关查出价格不合理的情况。 拓展知识：运输公司在开具发票时，要遵循《国家税务总局关于建立健全服务、不动产和无形资产证明有关事项的通知》及相关税收服务指引，依法申报缴纳税款。